一个叫小虫儿的网友在网上咨询艾滋病的症状，关海一一解答，小虫儿送来了血样，关海查出这份样HIV是阳性。小虫儿又发给关海一份血样，而这份血样HIV呈阴性。正当关海不解之时，徐葳葳化验出这分别是两个人的血样。
没有染上病的小虫儿通过网络认识了现在的朋友林哥，林哥是个瘾君子，吸毒过程中染上了艾滋病，善良的小虫儿一直照顾林哥的生活起居。林哥不愿治疗，只求一死，通过小虫儿和CDC的解救，终于将林哥劝进医院。
一个叫袁园姑娘化验的结果也是HIV阳性，她怀疑自己是被一个姓罗兰的美国人传染上的。于是CDC开始了对罗兰的近乎于艰难的寻找。陈思源也终于找到了罗兰，罗兰因怕离开中国而拒绝做HIV检查，陈思源最终能查出罗兰是否是HIV病毒携带者吗。
病案追踪第5集剧情介绍城市中流行一种怪病。发病人都是同一籍贯或夫妻二人有一人是那个同一籍贯黑龙江清源县。陈思源他们从没有见过这种怪病，而且陈思源的女友电视台的主持人沈欣也染上了这种病。
四处请教，军事医学专家告诉他们这是军用毒剂――芥子气造成的。陈思源他们追本溯源，前去清源县，用血的代价，找到了大量的当年侵华日军掩埋的化学战剂芥子气。
病案追踪第6集剧情介绍某农科所丢失了废弃的钴60，被两个孩子当作玩具拣到，造成放射性疾病，父母也被辐射，在送孩子住院的时候家中文物被盗。CDC行动组在其家里找到了一个钴源，以为万事大吉。孩子醒来，说拣到的发光小球(钴源)有两个。
事态骤然严重，另一钴源下落不明。警察宋倩和李再兴奉命调查文物失窃案，发觉是他们一直追捕并有血债的文物大盗“高知”雇人所为。陈思源怀疑窃贼把另外一个钴源当作“夜明珠”偷走，果然宋倩找到了入室行窃者孙铭，孙铭已经被钴源照射奄奄一息，并交代“夜明珠”被高知拿走，到外地去交易――“高知”也认为那是“夜明珠”，殊不知那是取人性命的死光。
陈思源等为公共安全急于找回钴源，而宋倩等急于抓到“高知”，既要抓住高知，又要尽量减少钴源对公众的辐射危害，双方使命不同，但目标同为“高知”，必须通力合作。
最后“高知”被堵在医院中，陈思源在没有防护的情况下去拿钴源，靠近钴源不受辐射的极限时间是10秒，但20秒后陈思源仍然没有出现，生死未卜。
