柳金玉看到有特务在监视自己，他调换了对柳文婷的体检报告。柳文婷走出医院时被龟井拦住，龟井还向他问起柳文婷是否是处女，他看完体验报告后看到她有流产的历史，龟井被柳金玉骗了。戴金花担心龟井不会轻易放过柳文婷和钱柏豪，金戈判断龟井抓人是做给别人看的，龟井是想执行死海计划。
金戈要抢时间行动，他相信钱柏豪是有血性的中国军人，戴金花也想做些什么，金戈想顺着龟井的想法把戏往大处演。钱柏豪被关押起来，村上向他逼问柳文婷的身份，他坚持称她是林百合。龟井对柳文婷用刑，她一口咬定是钱柏豪的妻子，在电刑的拷问下柳文婷意志坚强，这让龟井无可�魏巍�
蔡立峰得知钱柏豪和柳文婷被日军抓获，死海计划迫在眉睫，他命人发出电报。金戈闯入督导团住所后和齐猴子配合将他们全部电死在浴池中，戴金花从另一路解决掉看守的日军，她跟着金戈学了不少制敌方法。村上发现重庆向东安城空投了不少秘密人员，龟井认为很正常，他准备释放柳文婷和钱柏豪，还对他们加以表彰。
龟井在表彰会上叫来新闻记者，柳文婷和钱柏豪被龟井封为日本国民，还发了荣誉证书，龟井让他们暂住竹机关里。日军准备安装更严密的摧毁装置，龟井保证储藏生化武器的地点是安全的。金戈准备集中全部力量摧毁死海计划，首先要做的是找到脏弹的藏处。
柳金玉收到日军包围了东安医院后过去找龟井理论，龟井知道医院以前是柳家的，还拿出柳文婷的接收函。柳金玉提出辞职，龟井不同意他的做法，还开枪杀人，柳金玉只好同意继续工作，龟井对医院进行军事化管理。柳金玉感觉还是金戈说的对，他有些失落，还担心日军会炸毁医院。
战旗分集剧情介绍 第42集柳金玉在医院地下仓库发现日军秘密通道，村上找不到柳金玉就指责起士兵，柳金玉回去后被搜身，村上命他在三天内不能离开。金戈和戴金花从日军督导团成员的脚上发现一些端倪，柳金玉已经两天没有回家，金戈猜想秘密可能在医院里。柳文婷和钱柏豪穿着日本人服装，她看到伤员标签上写着东安医院，钱柏豪看出伤员在往后方撤离。
钱柏豪开始怀疑龟井去东安医院的动机，他和戴金花都记得卢亮自杀的情况，这才推测出脏弹就藏在东安医院，只是他们出不去，柳文婷要播音时提前逃走，钱柏豪表示反对。钱柏豪假装胃病发作倒在地上，柳文婷叫来日本人，龟井命人将他送入东安医院治疗，还派村上看守好钱柏豪，柳文婷也不能外出。
柳金玉对钱柏豪实施抢救，村上始终寸步不离，柳金玉做手术时将把剪刀从钱柏豪体内取出，他将剪刀拿给金戈，金戈发现系在箭刀上的线条，通过分析知道了钱柏豪说的内容，那是摩斯密码。柳金玉还向金戈和戴金花说起日军在医院里有地道口，金戈判断日军在安装自毁装置，他们想销毁证据，柳金玉说出消灭病毒的最好办法是持续高温。
东安城中日军已做好执行死海计划的准备，龟井告诉工作人员撤退时间，他想等死海计划完成功后再离开，他选择了石井执行死海计划的手工操作。金戈和戴金花集合第九大队准备破坏日军的死海计划，他们为了东安城的老百姓要血染战旗，重整河山，金戈安排了行动计划。东安医院突然停电让日军有些惊慌，村上向柳金玉问起，还想去茂发洋行取回发电机和柴油。
龟井听说东安医院停电后十分惊慌，他想提前执行死海计划，还让工作人员撤离。日军在火车站撤退时被戴金花率领第九大队袭击，他们伤亡残重，龟井手中没有一兵一卒可调，他在最后关头只好给东安医院打去电话，命令那里不许调兵，在规定时间内手动启动死海计划。金戈发现东安医院的日军没有撤退，柳文婷还在播音车上广播，她迅速将播音车上的汉奸消灭，还开车在全城广播起来，她说出了事实，还揭露了日军阴谋。柳文婷开车不顾一切地冲向日军的哨卡，虽然身中数枪，她在最后时刻引爆了手雷和那些日军同归于尽。金戈率领第九大队冲向东安医院，消灭那里日军后金戈安排几路人马分别行动。石井要手工启动那些脏弹时金戈及时赶到。
战旗分集剧情介绍 第43集（大结局）金戈劝石井放在手中的引线，石井已经启动装置，还有十分钟将会释放，金戈命人将柴油都倒在那里并点燃。龟井坐在坦克里率军出城逃走，东安城医院被炸弹和汽油销毁，那些生化武器也同时灰飞烟灭。金戈从俘虏那里知道龟井已经逃窜，他率领第九大队赶过去。
金戈骑车快速追赶龟井，他看到龟井坐的那辆坦克，金戈绕道拦住龟井，龟井看到他后停下坦克并从里面出来，他后悔当年没能杀死他，金戈悄悄摸出手雷仍入坦克里，龟井慌忙跳出去，金戈扔入坦克里的是一颗假手雷，金戈开起坦克追赶龟井，龟井仓皇逃跑。
金戈开炮将龟井打倒在地上，他开着坦克想将龟井碾成碎末，但在最后关心他忍住了，龟井被活捉。
戴金花带人到后他已坐在坦克上面，她问起龟井时金戈举起战旗，他感觉今天这面旗帜特别有魅力，十分迷人，它好像散发着一种巨大的力量，正是如此才有更多的人在第九大队中不断成长，那面战旗是一种信仰，是胜利的招呼。
金戈和钱柏豪来到柳文婷坟前祭奠，金戈希望他能留下来，他不想和他在战场上相遇，钱柏豪回到军统。金戈被调入野战部队，戴金花因为是女性去了地方工作。金戈在火车站见到戴金花等人来送他，两人在车厢里相视而笑。(全剧终)
